Когда пали древние государства тюркских народов, инициативу в Центральной Азии взяли на себя монгольские племена. С того времени, когда была создана империя Чингизхана, и вплотную до 50-х годов 18 века длилось их превосходство в Алтае. Тяжелейшим для алтайского народа был период, когда процветало западно-монгольское Джунгарское ханство (17-18 вв). Джунгарские войны принудили алтайцев платить дань, а так же постоянно совершались набеги с их стороны. В 50-х гг 18 века китайские войска разгромили джунгаров, в результате и джунгарский и алтайский народ тысячами вынуждены были спасаться от истребления. Они искали помощи у России, активно проводившей в тот период предприятия по расширению границ Сибири. С того времени и установились актуальные и сейчас политические границы и мирное существование этих разных культур: русской и алтайской.